La bibliografía se presenta en orden cronológico

Obras por número o año

Obras por género literario

Villancicos, romances, ensaladas y otras canciones devotas : Libro Segundo de los Coloquios espirituales y sacramentales y Canciones divinas
Edición crítica, estudio preliminar, notas y apéndices de Margit Frenk. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 1).

La portentosa vida de la muerte
Edición crítica, introducción y notas de Blanca López de Mariscal. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 2).

Memoriales : libro de oro MS JGI 31
Edición crítica, introducción, notas y apéndice de Nancy Joe Dyer. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 3).

Oraciones, ensalmos y conjuros mágicos del archivo inquisitorial de la Nueva España
Edición anotada y estudio preliminar Araceli Campos Moreno. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 4).

Carta del padre Pedro de Morales de la Compañía de Iesús : para el muy reverendo Padre Everardo Mercuriano, general de la misma Compañía. En que se da relación de la festividad que en esta insigne Ciudad de México se hizo este año de setenta y ocho, en la collocación de las sanctas reliquias que nuestro muy sancto Padre Gregorio XIII les embió
Edición, introducción y notas de Beatriz Mariscal Hay. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 5).

Tragedia intitulada Oçio de Juan de Cigorondo y teatro de colegio novohispano del siglo XVI
Edición crítica, estudio preliminar y notas de Julio Alonso Asenjo. México, D. F. : El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 6).

Debido recuerdo de agradecimiento leal
Edición de Beatriz Mariscal Hay, Martha Elena Venier. Estudio, edición y notas de Martha Lilia Tenorio. México: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 7).

"Qui navigant mare enarrant pericula eius": la Navegación del alma de Eugenio de Salazar
Edición y estudio de Jessica Locke. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 9).

Suma del arte de poesía
Edición y estudio de Martha Lilia Tenorio. México, D. F.: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 10).

Mercurio Yndiano : poema histórico
Edición de Beatriz Mariscal Hay. México: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 11).

Triumphos contra vandoleros : romances de Patricio López, cacique zapoteco
Edición y estudio introductorio de Enrique Flores. México: El Colegio de México / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 12).

Arte poética
Edición crítica, estudio preliminar, índices y notas de Martha Lilia Tenorio. Ciudad de México: El Colegio de México / Fundación para las Letras Mexicanas / Centro de Estudios Lingüísticos y Literarios [COLMEX] (Biblioteca Novohispana [Obras]; 13).