En 1959, don Wigberto Jiménez Moreno fundó el Departamento de Investigaciones Históricas deh, mismo que se convertiría en Dirección veinte años más tarde. El anexo al Castillo de Chapultepec fue la sede de la deh hasta el año 2000, cuando se mudó a sus oficinas actuales de Tlalpan. El Mtro. Manuel Arellano, la Dra. Betriz Braniff, la Dra. María Antonieta Cervantes, la Mtra. Josefina González, la Mtra. Isabel González, la Mtra. María Teresa Huerta, la Mtra. Celia Maldonado, la Dra. Eugenia Meyer, la Mtra. Alicia Olivera y la Mtra. María de la Luz Parcero fueron los investigadores fundadores, quienes se dedicaron en aquellos años principalmente al estudio de la historia prehispánica.
La Biblioteca Manuel Orozco y Berra se creó en 1945 como parte del Centro de Documentación de Museo Nacional de Historia mnh, ubicado en el Castillo de Chapultepec. Ahí permaneció hasta 1959 año en que se fundó el deh y pasó a formar parte de éste, trasladándose al edificio anexo al Castillo. En julio del año 2000 cambió su sede junto con el deh en Tlalpan.
Al inicio de la década de los setentas, el Dr. Enrique Florescano fue nombrado director del Departamento y fundó una serie de seminarios temáticos que, por años, indicarían las líneas de investigación que han caracterizado a la deh. Entre los seminarios se cuentan los siguientes: Historia de la Cultura; Historia de la Formación de Grupos y Clases Sociales; Seminario de Cambios Socioeconómicos; de Historiografía Política; de Historia de la Agricultura; de Desarrollo Económico; de Historiografía Social; de Historia de las Mentalidades; seminario de Historia Urbana; seminario de Historia del Arte.
Durante la década de los setentas y hasta mediados de la década de los ochentas, la deh vio crecer notablemente el número de investigadores y seminarios, llegando a contar con alrededor de 90 investigadores. El seminario de historia oral, el de inmigrantes y el de historia de las mujeres, son ejemplo de esta segunda oleada que incorporó nuevos temas a los que ya se desarrollaban. De 1997 al 2001, a partir de una revisión del reglamento interno, se introdujo la modalidad de participación de los investigadores a través de proyectos individuales y la disolución de los seminarios como instancia de votación en la toma de decisiones colectivas. Paralelamente empezaron a proliferar talleres, seminarios y actividades académicas que vinculan transversalmente a investigadores con objetivos específicos. Esto último, así como el desarrollo óptimo de la labor de investigación ha tenido lugar, sin duda, gracias a la comodidad, funcionalidad y belleza de las instalaciones que se lograron durante esta gestión.
