Estudió el bachillerato en los seminarios de Zamora y Morelia, donde aprendió latín y tradujo a los clásicos. Fue corresponsal del Diario del Hogar y de Regeneración; fundó el periódico El 1910. Apoyó la candidatura de Bernardo Reyes, por lo que estuvo preso. Se unió a los revolucionarios maderistas en San Antonio, Texas (1908). Una vez desatada la lucha armada de 1910 en México, participó en los combates de la Decena Trágica, en 1913, y en ese mismo año se incorporó a las fuerzas constitucionalistas; firmó y propuso las reivindicaciones sociales en el Plan de Guadalupe y fue jefe del Estado Mayor de la Columna de Operaciones del general Lucio Blanco, con quien realizó los primeros repartos agrarios. Ya como general, administró la aduana del puerto de Veracruz (1914) y presidió el Tribunal de Justicia Militar (1915). Participó en el gobierno entre 1915 y 1941 en cargos como el de gobernador y comandante militar de Tabasco, en el del estado de Michoacán y en el del Territorio de Baja California Sur. Como diputado del Congreso Constituyente, presidió la primera comisión para la instauración de la Constitución Política de 1917; junto con otros representantes integró el ala izquierda de la asamblea y redactó casi en su totalidad los Artículos 3, 27 y 123 de la nueva Carta Magna. Fue director del penal de la Islas Marías (1928) y jefe de la zona militar de Campeche y Yucatán (1933). Durante la presidencia del general Lázaro Cárdenas ocupó los cargos de secretario de Economía (1934-1935) y de Comunicaciones y Obras Públicas (1935-1939). Redactó el documento que leyó el presidente de la República para anunciar, el 18 de marzo de 1938, la expropiación petrolera. Lanzó su precandidatura a la presidencia de la República, representando al Partido de la Revolución Mexicana (prm) (1939). Participó en la fundación de los partidos políticos de oposición: Partido Constitucionalista Mexicano, y de la Federación de Partidos del Pueblo Mexicano; apoyó la candidatura del general Henríquez Guzmán para ocupar la primera magistratura del país.

Francisco José Múgica, además de haberse interesado en la poesía y la crítica literaria, fue requerido en los momentos culminantes de la Revolución Mexicana para que participara en la planeación y redacción del Plan de Guadalupe, del Plan de Agua Prieta, de los artículos más importantes de la Constitución de 1917 y del histórico texto que anunció la expropiación petrolera; contribuyó también con artículos que denunciaban las injusticias del régimen porfirista, en órganos periodísticos como Regeneración. En sus libros y artículos periodísticos destaca su pensamiento dentro de los principios del liberalismo en México, sus ideas progresistas y combatientes en los márgenes del reparto agrario, y su lucha por la educación social y mejores condiciones de vida para los trabajadores mexicanos.