El Programa reconoce a los estudios mesoamericanos como un campo general de conocimiento. Su enfoque, por naturaleza interdisciplinario, abarca los siguientes campos de conocimientos específicos:

1. Sistemas gráficos mesoamericanos de comunicación: esta línea tiene el texto como su enfoque. El estudiante adquirirá conocimientos iconográficos, epigráficos y paleográficos para entender textos prehispánicos o coloniales. La traducción y análisis de estos textos requiere un conocimiento diacrónico de la lengua y por tanto, de la lingüística y, particularmente, de la lingüística histórica. El análisis se puede limitar al texto, o bien, ir más lejos al relacionarlo con los pueblos indígenas históricos y actuales, enfatizando su carácter interdisciplinario. En este caso, el trabajo de campo es esencial para relacionar el contenido de los textos indígenas con el paisaje actual y las prácticas sociales contemporáneas. 

2. Religiones mesoamericanas: comprende el estudio del pensamiento religioso y sus diversas manifestaciones. Así, el alumno se acercará al conocimiento de las deidades, la cosmovisión, las mitologías y las prácticas rituales de las diversas culturas de Mesoamérica desde el periodo prehispánico hasta la actualidad, a través del análisis interdisciplinario de fuentes documentales y plásticas, materiales arqueológicos, registros etnográficos, entre otros. Para su estudio, se apoyará en los marcos teórico-metodológicos de diversas disciplinas como la historia, la antropología, la arqueología, la filología y la lingüística. 

3. Lenguas indígenas mesoamericanas: comprende las expresiones lingüísticas de los pueblos originarios del área cultural mesoamericana. Las lenguas indígenas se abordan desde tres niveles diferentes. Por un lado, como objeto de estudio, se investiga la fonética, la morfosintaxis y la semántica. Por otro, como herramienta de investigación, la lengua es el vehículo de comunicación entre el estudiante y la cultura a investigar. Finalmente, las lenguas son en sí mismas una fuente primordial de conocimiento y comprensión de la cultura. Desde esta línea se abordarán aspectos lingüísticos, filológicos, literarios, sociológicos, y antropológicos, considerando las diversas etapas históricas.

4. Sistemas políticos y económicos: esta línea abarca el estudio de los distintos tipos de organización sociopolítica y económica de las antiguas sociedades mesoamericanas y su desarrollo a través del tiempo hasta los pueblos actuales. Incluye aspectos como el estudio de patrones de asentamiento, sistemas de gobierno y parentesco, formas de producción, redes comerciales, conflictos bélicos y alianzas. Desde un enfoque interdisciplinario, se conjugan en estos estudios la arqueología, la antropología, la historia, la epigrafía, la ciencia política, la sociología, la economía, principalmente.

5. Historia de los pueblos indígenas: comprende el conocimiento del pasado de los pueblos mesoamericanos, partiendo de la idea de una continuidad cultural indígena que requiere de estudios comparativos entre contextos distantes en tiempo y espacio. Esta línea incluye el estudio de los pueblos mesoamericanos en las épocas prehispánica, colonial e independiente. Para abordar la complejidad de la historia de los pueblos indígenas, el estudiante deberá integrar una perspectiva interdisciplinaria que permita emplear documentos escritos en lenguas indígenas y en español, así como fuentes plásticas y orales. Para el efecto concurren perspectivas como la etnohistoria, el análisis iconográfico, epigráfico y pictográfico, la lingüística y la antropología histórica de los pueblos indígenas.

Fuente: Maestría en Estudios Mesoamericanos (FFyL-IIFL-UNAM)