En 1987, la Secretaría de Educación Pública (SEP) dispuso la reconstrucción y remodelación del edificio. Esta obra fue encomendada al arquitecto Abraham Zabludovsky y estuvo bajo la supervisión del Instituto Nacional de Antropología e Historia.
En 1988, la Biblioteca pasó a depender del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes (CNCA), con un acervo de 500,000 volúmenes, distribuidos en seis salas: dos generales, una de colecciones especiales, una de consulta, una infantil y una para invidentes.
En las salas generales se encuentran obras de filosofía, religión, ciencias sociales, ciencias exactas, tecnología y bellas artes, literatura, historia, geografía medicina, arquitectura, ingeniería y administración. En la sala de colecciones especiales se localizan materiales bibliográficos y hemerográficos del archivo, valiosos por su temática, antigüedad o rareza.
La sala infantil contiene aproximadamente 10,000 volúmenes, destinados a niños entre 5 y 12 años, con libros de estudio, recreativos, de consulta, revistas infantiles y un archivo. En esta sección se organizan talleres infantiles y juegos, con el objetivo de fomentar la lectura.
La sala de consulta general cuenta con diccionarios y enciclopedias y un archivo en el que se agrupa la información de periódicos, dibujos, mapas, folletos.
En esta Biblioteca se encuentran los acervos de Carlos Basave, Antonio Caso, Roberto Valles, Felipe Teixidor, José Juan Tablada y Jesús Reyes Heroles, además de los Fondos Conventuales, integrados por obras de los siglos xvii y xviii que pertenecieron a los principales conventos de mercedarios, agustinos, carmelitas y franciscanos de México.
En 1994 se iniciaron en la Biblioteca dos proyectos: El Fondo México y la catalogación del Fondo Reservado. El primero consiste en la formación de una colección de cerca de 20,000 volúmenes sobre México, con obras escritas por mexicanos o extranjeros. Son prioritarias en este proyecto las áreas de historia, arte y literatura. El Fondo México se conformará con los materiales seleccionados de los textos existentes en la Sala de Colecciones Especiales. La sala para este Fondo ha sido diseñada por el arquitecto Francisco Pérez Salazar.
El Fondo Reservado es un acervo que forma parte de la Sala de Colecciones Especiales. En este fondo se resguardan las obras más valiosas, únicas o singulares, con valor histórico o bibliográfico inestimable, incunables europeos o mexicanos, ediciones príncipe, libros que pertenecieron a la biblioteca privada del erudito Joaquín García Icazbalceta, sermones y catecismos, entre otros.
La Biblioteca de México organiza y promueve diversas actividades culturales; cuenta con sus propios espacios para exposiciones, cine club, conferencias, conciertos, mesas redondas y obras de teatro. Desde 1990 aparece patrocinada por ella la revista Biblioteca de México.
