El Premio Sor Juana fue concebido y bautizado por la escritora nicaragüense Milagros Palma. Se ideó para ser entregado al término del IV Simposium Internacional de Crítica Literaria y Escritura de Mujeres de América Latina, que se realizó en el marco de la Feria Internacional del Libro de Guadalajara de 1993.

Las galardonadas internacionales incluyen a la chilena Marcela Serrano en 1994 por la novela Nosotras que nos queremos tanto, la costarricense Tatiana Lobo en 1995 por Asalto al paraíso, la colombiana Laura Restrepo en 1997 por Dulce compañía, la argentina Sylvia Iparraguirre en 1999 por La Tierra del Fuego, la argentina Ana Gloria Moya en 2002 por Cielo de tambores, la española Cristina Sánchez-Andrade en 2004 por Ya no pisa la tierra tu rey, la uruguaya Carla Amengual en 2006 por Desde las cenizas, la argentina Tununa Mercado en 2007 por Yo nunca te prometí la eternidad, la nicaragüense Gioconda Belli en 2008 por El infinito en la palma de la mano, la argentina Claudia Piñeiro en 2010 por Las grietas de Jara, la española Almudena Grandes en 2011 por Inés y la alegría, la chilena Lina Meruane en 2012 por Sangre en el ojo, la argentina Inés Fernández Moreno en 2014 por El cielo no existe, la argentina Perla Suez en 2015 por El país del diablo, la española Mariana Perezagua en 2016 por Yoro, la chilena Nona Fernández en 2017 por La dimensión desconocida, la española Clara Usón en 2018 por El asesino tímido, la argentina María Gainza en 2019 por La luz negra, la argentina Camila Sosa Villada en 2020 por Las malas y la uruguaya Fernanda Trías en 2021 por Mugre rosa.